Ρύπανση από τα απόβλητα τυροκομείων,οικιακών λυμάτων,σφαγείων,ελαοτριβείων που εκβάλονται στη λίμνη
Ρύπανση από την αλόγιστη χρήση φυτοφαρμάκων και λιπασμάτων
Καταστροφή της παρόχθιας βλάστησης
Αυθαίρετες οικοδομικές εργασίες
Παράνομο ψάρεμα με χρήση δυναμίτη και τεράστιων διχτύων με μικρά μάτια
Παράνομο κυνήγι
Υπερεκμετάλλευση του εδάφους,κυρίως κοντά στις όχθες της λίμνης
Προστασία της λίμνης:
Για την προστασία της ιδρύθηκε τον Αύγουστο του 1997 η μη κερδοσκοπική ΕΤΑΙΡΕΙΑ ΠΡΟΣΤΑΣΙΑΣ ΤΡΙΧΩΝΙΔΑΣ και συμμετέχουν σε αυτήν ως μέλη οι παρακάτω οργανώσεις και φορείς:
AΜΕΣΗ ΕΠΕΜΒΑΣΗ ΓΙΑ ΤΗΝ ΠΡΟΣΤΑΣΙΑ ΤΗΣ ΑΓΡΙΑΣ ΦΥΣΗΣ(Α.Ε.Π.Α.Φ.)
